Die Unterstützung des Strukturwandels, die Schaffung und der Erhalt wettbewerbsfähiger Arbeitsplätze, die Realisierung dringend erforderlicher Infrastrukturvorhaben sowie die Förderung der Aus- und Weiterbildung sind die wichtigsten Ziele des Einsatzes der EU-Strukturfonds in Berlin. In der laufenden Förderperiode (2000 – 2006) wurden Berlin dabei rund 1,3 Milliarden Euro von der Europäischen Union zur Verfügung gestellt. Sie verteilen sich im wesentlichen auf den EFRE (Europäischer Fonds für regionale Entwicklung), der investive Maßnahmen und Infrastrukturvorhaben finanziert, sowie den ESF (Europäischer Sozialfonds), der u. a. Maßnahmen zur Qualifizierung von Arbeitslosen und von Arbeitslosigkeit Bedrohten sowie der sozialen Integration in den Arbeitsmarkt fördert. Insgesamt sind bisher mit Geldern aus dem EFRE über 6.200 Projekte im Bereich Wirtschaft, Umweltschutz und Forschung gefördert und mehr als 31.000 Arbeitplätze geschaffen worden. Seit dem Jahr 2000 sind über den ESF beispielsweise mehr als 100.000 Berlinerinnen und Berliner in rund 2.800 Aus- und Weiterbildungsprojekten qualifiziert worden. Ein Beispiel ist das Programm „Teilhabe – Integration – Qualifikation“, mit dem jungen Alg-II-Empfangenden die Möglichkeit geboten wird, den Hauptschulabschluss nachzuholen oder einen Berufsabschluss zu erwerben. Dieses Programm wurde auf Initiative der Linkspartei.PDS aufgelegt.

Mit Beginn der neuen Förderperiode 2007-2013 richtet sich das Hauptaugenmerk der gesamten EU-Strukturfondsförderung auf die neuen Mitgliedsstaaten in Mittel- und Osteuropa. Es ist allerdings Verdienst des rot-roten Senats, dass Berlin auch in den nächsten Jahren nicht wesentlich weniger Mittel zur Verfügung stehen als in den letzten Jahren. Ein weiteres Ergebnis der Verhandlungen von Wirtschaftssenator Harald Wolf in Brüssel ist, dass im Rahmen der Strukturfondsförderung über ein eigenes Förderprogramm den Bedürfnissen großer Städte mit ihren sozialen Problemgebieten besonders Rechnung getragen wird. Berlin hat hier mit der Einbeziehung der Quartiersmanagementgebiete in die EFRE-Förderung, aber auch mit dem Programm „Wirtschaftsdienliche Maßnahmen“ (Bündnisse für Wirtschaft und Arbeit) schon eine Vorreiterrolle übernommen.

Das Land wird im Herbst die sog. Operationellen Programme zur Untersetzung des Einsatzes der Strukturfonds in Berlin bei der Europäischen Kommission in Brüssel einreichen. Diese muss die Programme genehmigen. Schwerpunkte werden in der nächsten Förderperiode verstärkte Investitionen im Bereich Wissen und Innovation, die Förderung von kleinen und mittleren Unternehmen sowie die verstärkte Unterstützung der Entwicklung von sozialen Problemgebieten sein. Ein weiterer Schwerpunkt sind spezielle Umweltprogramme, die in dem Umweltentlastungsprogramm (UEP) schon einen Vorläufer hatten und Maßnahmen zur Steigerung der Ressourceneffizienz.

Generell werden die beiden Querschnittsthemen Nachhaltigkeit und Gender-Mainstreaming Anwendung finden.