Am 17. September 2006 bekam die Linkspartei.PDS Berlin 13,4 Prozent der abgegebenen Zweitstimmen. Die neue Fraktion im Abgeordnetenhaus umfasst 23 Mitglieder. 14 gewannen ihren Wahlkreis direkt, neun kamen über die Landesliste der Linkspartei.PDS ins Landesparlament.

Am 19. November 2006 hat der Landesparteitag mit 111 Stimmen, bei 11 Gegenstimmen und 11 Enthaltungen die Koalitionsvereinbarung bestätigt. In dieser sind unsere zentralen Projekte – der Einstieg in einen öffentlich geförderten Beschäftigungssektor, der Start eines Modellprojektes für eine Gemeinschaftsschule sowie der Erhalt der Unternehmen der Daseinsvorsorge in öffentlicher Hand – verankert.
 
Am 23. November 2006 wählte das Berliner Abgeordnetenhaus Klaus Wowereit zum Regierenden Bürgermeister. Im Anschluss daran berief er, auf Vorschlag des Landesvorstands der Linkspartei Harald Wolf zum Bürgermeister und Senator für Wirtschaft, Technologie und Frauen, Dr. Heidi Knake-Werner als Senatorin für Integration, Arbeit und Soziales und Katrin Lompscher als Senatorin für Gesundheit, Verbraucherschutz und Umwelt in den Senat von Berlin. Heidi Knake-Werner trat im Oktober 2009 auf eigenen Wunsch aus dem Senat aus. Neue Senatorin für Integration, Arbeit und Soziales wurde Carola Bluhm.